В структуру МКОУ "Детский дом-школа №95" входят следующие подразделения:

• дошкольное отделение работает в соответствии с положением, включает: дом ребенка (дети с 0 до 3 лет), дошкольное  (для детей с 3 до 7 лет), руководитель - заместитель директора по УВР с детьми дошкольного возраста Прохорова Алена Геннадиевна;
• школьное подразделение (для детей с 6,5 лет до 18 лет), руководитель - заместитель директора по ВР с детьми школьного возраста Качалкова Елена Александровна;
• средняя общеобразовательная школа работает в соответствии с положением, руководители - заместители директора по УВР Крафт Светлана Александровна, Скурятина Наталья Александровна;
• приемно-карантинное отделение, руководитель Любова Наталья Сергеевна;
• библиотека, руководитель - заведующая библиотекой Неволина Елена Михайловна;
• медицинское отделение работает в соответствии с положением, руководитель - заместитель директора по лечебно-оздоровительной работе Базалева Елена Филипповна;
• административно-хозяйственное отделение работает в соответствии с положением, руководитель - заместитель директора по АХЧ Андреев Евгений Анатольевич;
• бухгалтерия, руководитель - старший бухгалтер Шестакова Наталья Александровна;
• службы (педагогов-психологов, руководитель - Бойкова Анастасия Владимировна, социальных педагогов, руководитель - Воробьева Татьяна Юрьевна;
• Центр подготовки к выпуску и постинтернатного сопровождения "Дом выпускника", руководитель - заведующая центром Епонешникова Галина Станиславовна;
• загородный оздоровительный центр «Карлык», руководитель - заместитель директора по ОЦ "Карлык" Зарубин Максим Вячеславович;
• загородный оздоровительный центр «Жемчужинка», руководитель - заместитель директора по ОЦ "Жемчужинка" Горшков Виктор Александрович .

Все подразделения, кроме загородных оздоровительных центров, расположены по основному адресу учреждения: г. Новокузнецк, ул. Климасенко, д. 15. Загородный ОЦ "Карлык" расположен в поселке Карлык, а ОЦ "Жемчужинка" в деревне Есауловка Новокузнецкого района. Подробнее узнать о работе подразделений можно на страницах каждого подразделения. Для контактов с руководителями и сотрудниками подразделений можно использовать  основной телефон и адрес электронной почты учреждения, информация о которых есть на странице Контакты.

Управление учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и Уставом. К компетенции учредителя (КОиН Администрации г. Новокузнецка) учреждения относятся:

• определение цели и основных видов деятельности Учреждения;
• утверждение Устава Учреждения и вносимых в него изменений;
• назначение руководителя Учреждения - директора - и прекращение его полномочий, а также заключение и прекращение трудового договора с ним;
• согласование штатного расписания Учреждения;
• определение приоритетных направлений деятельности Учреждения;
• контроль за образовательной и финансово-хозяйственной деятельностью Учреждения, в том числе путем проведения проверок;
• проведение экспертной оценки возможности принятия решения о ликвидации или реорганизации Учреждения;
• решение иных вопросов, предусмотренных Федеральным законодательством.

Непосредственным руководителем учреждения является назначенный учредителем директор. Директор организует выполнение решений учредителя по вопросам деятельности учреждения. Формами самоуправления являются:

• Общее собрание (конференция) работников Учреждения (положение);
• Педагогический совет (положение);
• Попечительский совет (положение);
• Орган ученического самоуправления "Государство "Надежда" (положение).